El repositorio digital se organiza en carpetas individuales por cada caso que haga parte del MUIF y tendrá las siguiente estructura de subcarpetas para el almacenamiento y gestión de la información necesaria. 

Se creará una carpeta principal relacionada con el caso que contendrá 7 subcarpetas para almacenar la información del Expediente, los Intervinientes, los Informes financieros, los Informes de análisis criminal, los Informes de campo, las Actividades para fiscalía y los informes obtenidos de la UIAF. En el siguiente diagrama se muestra gráficamente la estructura de carpetas que manejará cada caso para facilitar su entendimiento.